Отборочный турнир Кубка африканских наций 2013 прошёл с 15 января по 14 октября 2012 года.
47 стран — членов КАФ — принимали участие в турнире, включая сборную ЮАР, которая автоматически попадала в финальную часть.
Остальные 46 команд принимали участие в отборочных матчах. Так как Кубок африканских наций 2013 пройдет уже на следующий год после Кубка африканских наций 2012, что связано с переходом на проведение турниров в нечётные годы, отборочный турнир к нему был проведён в укороченном формате из трёх раундов, представляющими собой плей-офф из двух матчей:
15 победителей второго раунда попадают в финальную часть.
В каждом из трех раундов команды были поделены на пары, которые играли между собой два матча дома и в гостях на вылет. Победитель определялся по сумме голов. Если по окончании основного времени второго матча счёт по сумме двух встреч остается равным, применяется правило гола, забитого на чужом поле. Если по-прежнему не удается выявить победителя, то сразу же назначается серия послематчевых пенальти (дополнительное время не проводится).
Жеребьевка предварительного и первого раундов прошла 28 октября 2011 года в Малабо, Экваториальная Гвинея. Жеребьевка второго раунда прошла после завершения первого раунда 5 июля 2012 года в Йоханнесбурге, ЮАР.
Сан-Томе и Принсипи выиграл с общим счётом 1:0 и прошёл в Первый раунд, где встретится со Сьерра-Леоне.
26 команд, не участвовавших в финальном турнире КАН-2012, и присоединившиеся к ним победители Предварительного раунда разбиваются на 14 пар. Победители пар выходят во Второй раунд.
Матчи состоялись 29 февраля и 15-17 июня 2012. Матч между Центральноафриканской Республикой и Египтом был перенесен с 29 февраля на 30 июня по запросу Египетской футбольной ассоциации из-за трагедии на стадионе в Порт-Саиде.
Примечания2: Порядок матчей изменен после первоначальной жеребьевки.
Общий счёт — 1:1. Эфиопия выигрывает по правилу гола на выезде и проходит во Второй раунд.
Нигерия выигрывает с общим счётом 2:0 и проходит во Второй раунд.
Уганда выигрывает с общим счётом 5:3 и проходит во Второй раунд.
Общий счёт — 2:2. Зимбабве выигрывает по правилу гола на выезде и проходит во Второй раунд.
Алжир выигрывает с общим счётом 6:2 и проходит во Второй раунд.
Общий счёт — 2:2. Того выигрывает по правилу гола на выезде и проходит во Второй раунд.
Сьерра-Леоне выигрывает с общим счётом 5:4 и проходит во Второй раунд.
Камерун выигрывает с общим счётом 2:0 и проходит во Второй раунд.
Малави выигрывает с общим счётом 4:3 и проходит во Второй раунд.
ДР Конго выигрывает с общим счётом 7:0 и проходит во Второй раунд.
Общий счёт — 2:2. Мозамбик выигрывает в серии послематчевых пенальти и проходит во Второй раунд.
ЦАР выигрывает с общим счётом 4:3 и проходит во Второй раунд.
Кабо-Верде выигрывает с общим счётом 7:1 и проходит во Второй раунд.
Либерия выигрывает с общим счётом 1:0 и проходит во Второй раунд.
30 команд, которые прошли во второй раунд — 14 победителей первого раунда и 16 участников КАН-2012 — были распределены по рейтингу, основанном на результатах их выступлений на трех последних розыгрышах Кубка африканских наций — в 2008, 2010 и 2012 годах. Для каждого из трех последних розыгрышей Кубка африканских наций принята следующая система подсчёта очков отобравшихся команд:
Кроме того, каждому из трех последних розыгрышей Кубка африканских наций был дан следующий увеличенный коэффициент:
Команды были разделены на корзины, основанные на данном рейтинге. Каждая пара включает в себя по одной команде из каждой корзины. Порядок матчей в каждой паре был определен жеребьевкой.
3: ↑ Матч Ливия — Алжир был перенесен на нейтральное поле в Марокко из-за политической ситуации в Ливии. 4: ↑ Матч Сенегал — Кот-д’Ивуар был остановлен за 15 минут до конца, после того как болельщики начали беспорядки на трибунах. Результат остался 2-0 в пользу Кот-д’Ивуара решением КАФ.
Мали побеждает с общим счётом 7:1 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Общий счёт — 3:3. Ангола побеждает по правилу гола, забитого на выезде и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Гана побеждает с общим счётом 3:0 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Нигерия побеждает с общим счётом 8:3 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Общий счёт — 1:1. Замбия побеждает в серии послематчевых пенальти и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Кабо-Верде побеждает с общим счётом 3:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Марокко побеждает с общим счётом 4:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Общий счёт — 2:2. Тунис побеждает по правилу гола, забитого на выезде и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Нигер побеждает с общим счётом 2:1 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Общий счёт — 5:5. Эфиопия побеждает по правилу гола, забитого на выезде и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Алжир побеждает с общим счётом 3:0 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Кот-д’Ивуар побеждает с общим счётом 6:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
ДР Конго побеждает с общим счётом 5:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Того побеждает с общим счётом 3:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.
Буркина-Фасо побеждает с общим счётом 3:2 и проходит в финальную часть Кубка африканских наций 2013.