Отношения между Церковью объединения и основными течениями христианства были отмечены конфликтом и несогласием, также как и сотрудничеством, временами. Церковь объединения была создана Мун Сон Мёном в 1954 году. Согласно Справочнику капеллана изданному Министерством армии США его учение основано на Библии, хотя включает в себя новые толкования, не встречающиеся основных течениях христианства. Церковь объединения распространилась в большинстве стран во второй половине XX века, хотя и с относительно малым числом последователей[уточнить]. К основным течениям христианства относятся те христианские церкви, которые следуют Никейскому Символу веры, включая Римскую католическую, Восточную Православную, и большинство протестантских церквей.
С начала её основания Церковь объединения пытается распространить своё учение в основных течениях христианства и в организациях, с ними связанными, хотя её основатель заявляет, что она не относится ни к одной из деноминаций. Церковь объединения в Корее некоторыми протестантскими церквями называется еретической, включая ту пресвитерианскую церковь, которую Мун посещал до проповеднической деятельности. В США некоторыми экуменическими организациями Церковь объединения была отвергнута как не христианская. Основными причинами были не теологические, а политические причины — в основном ревность по поводу стремительного роста Церкви Объединения и угроза потери своей паствы, хотя, по словам Муна, он даже уговаривал последователей других церквей не покидать Церковь объединения. Некоторые специалисты утверждают, что основными возражениями против неё были всё-таки теологические причины, в-основном из-за привязки дополнительного материала к Библии и из-за её отрицания буквального Второго Пришествия Христа. Христианские толкователи Библии критикуют учение Церкви объединения также за то, что оно противоречит концепции sola fide.
В 1974 году Мун основал Теологическую Семинарию Объединения в Берритауне, Нью-Йорк, отчасти чтобы улучшить отношения Церкви объединения с христианскими церквями. Профессора из других деноминаций, включая методистского священнослужителя, пресвитерианского, римско-католического священнослужителей, а также раввины, были наняты, чтобы обучать религиоведению студентов, которые воспитывались как лидеры Церкви объединения.
В 1982 году Мун был лишён свободы в США после признания виновным присяжными в сознательной подаче неверной налоговой декларации (См. Правительство США против Мун Сон Мёна). Его последователи развернули PR-кампанию. Буклеты, письма и видеокассеты были разосланы примерно 3000 христианским лидерам в США. Многие подписали петицию в знак протеста правительственному делу. Среди американских христианских лидеров, выступавших в защиту Муна, были консервативный Джерри Фалуэлл, лидер политической партии Морал Маджорити (англ. Moral Majority), и либерал Джозеф Лоуэри, глава Конференции южного христианского руководства. Среди остальных, протестующих против правительственного преследования Муна был Харви Кокс, профессор богословия в Гарварде и Юджин Маккарти, сенатор США и бывший кандидат в президенты США от Демократической партии.
В 1994 году Церковь объединения имела около 5000 последователей в России и подверглась критике со стороны Русской православной церкви.
В 2001 году мир облетела сенсация, когда католический архиепископ Лусаки Эммануэль Милинго и Мария Сонг, 43-летняя корейская акупунктуристка, поженились на Церемонии благословения Церкви Объединения, проводимой Преподобным Муном и его женой. Вслед за их бракосочетанием архиепископ был вызван в Ватикан Папой Иоанном Павлом II, который попросил его никогда более не встречаться с его женой и переехать в Капуцинский монастырь, но первый отверг его ультиматум. После этого случая Ватикан созвал собор, на котором рассматривалась возможность для нарушивших обет безбрачия священнослужителей высших чинов, число которых насчитывает около 150000 по всему миру, вернуться в лоно церкви. Милинго выступает за отмену целибата для католических священников. Он является основателем организации Женатые священники сегодня! (англ. Married Priests Now!). Архиепископ Джордж Августус Столлингс, тоже бывший католический священник, основавший свою Афроамериканскую католическую конгрегацию, также является сторонником организации.